В состав ФГБУ «ЦОК АПК» входят: 21 филиал и 25 испытательных лабораторий в основных зернопроизводящих регионах Российской Федерации, морских портах и погранпереходах, а также Филиал по г. Москве и Московской области, который выступает в качестве методического центра.
Основной целью деятельности Учреждения является реализация единой государственной политики в области обеспечения качества и безопасности продукции агропромышленного комплекса. Испытательные лаборатории ФГБУ «ЦОК АПК» аккредитованы на проведение широкого спектра исследований и оказывают услуги в следующих областях: качество и безопасность зерна, круп, комбикормов и компонентов для их производства, побочных продуктов переработки зерна, карантина и защиты растений, безопасного обращения с пестицидами и агрохимикатами, семеноводства, обеспечения плодородия почв и обращения побочных продуктов животноводства (ППЖ), исследований всех видов мяса и мясной продукции, молока и молочной продукции, птицы и продукции из мяса птицы, яйца и продукции яйцепереработки, мёда и продукции пчеловодства, рыбы и рыбной продукции, аквакультуры, определения возбудителей инфекционных заболеваний, специфических антител к возбудителям инфекций, проведения экспертной, методической, аналитической и исследовательской работы.